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輔助大腸癌的再發風險診斷的計算機系統、程序及方法.pdf

摘要
申請專利號:

CN201510621189.0

申請日:

2015.09.25

公開號:

CN105468893A

公開日:

2016.04.06

當前法律狀態:

實審

有效性:

審中

法律詳情: 實質審查的生效IPC(主分類):G06F 19/00申請日:20150925|||公開
IPC分類號: G06F19/00(2011.01)I 主分類號: G06F19/00
申請人: 希森美康株式會社
發明人: 后藤健吾; 吉田雄一郎; 大友泰裕
地址: 日本兵庫縣
優先權: 2014-197018 2014.09.26 JP; 2015-082645 2015.04.14 JP; 2015-183024 2015.09.16 JP
專利代理機構: 中國國際貿易促進委員會專利商標事務所11038 代理人: 鄭天松
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法律狀態
申請(專利)號:

CN201510621189.0

授權公告號:

|||

法律狀態公告日:

2016.05.04|||2016.04.06

法律狀態類型:

實質審查的生效|||公開

摘要

由本發明提供大腸癌的再發風險的判斷中使用的計算機系統。此計算機系統具備含處理器和存儲器的計算機。在此存儲器中記錄有使在上述計算機中實行的計算機程序,接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的第18染色體長鏈上的18q21~18q23的區域中存在的第1基因組選擇的多個基因的表達量,接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的第20染色體長鏈上的20q11~20q13的區域中存在的第2基因組選擇的多個基因的表達量,以及接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的含ANGPTL2、AXL、C1R、C1S、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1及VIM的第3基因組選擇的多個基因的表達量的工序,及基于接收的表達量,判斷上述患者的大腸癌的再發風險的工序。

權利要求書

1.大腸癌的再發風險的判斷中使用的計算機系統,其具備含處理
器和存儲器的計算機,在上述存儲器中記錄有使在上述計算機中實行
下列工序的計算機程序:
如下工序:
接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的第18染色體長鏈上的
18q21~18q23的區域中存在的第1基因組選擇的多個基因的表達量,
接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的第20染色體長鏈上的
20q11~20q13的區域中存在的第2基因組選擇的多個基因的表達量,
以及
接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的含ANGPTL2、AXL、
C1R、C1S、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、
KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1及VIM的第3基因
組選擇的多個基因的表達量,
基于接收的表達量,判斷上述患者的大腸癌的再發風險的工序。
2.權利要求1所述的計算機系統,其中在上述判斷工序中,
當上述第3基因組是高表達時,判斷為再發風險高,
當上述第1基因組是低表達、且上述第3基因組是低表達時,判
斷為再發風險為中度,
當上述第1基因組是高表達,上述第2基因組是高表達、且上述
第3基因組是低表達時,判斷為再發風險為中度,
當上述第1基因組是高表達,上述第2基因組是低表達、且上述
第3基因組是低表達時,判斷為再發風險低。
3.權利要求1所述的計算機系統,其中
上述存儲器存儲高風險組的表達量、中風險組的表達量及低風險
組的表達量,
上述處理器:
接收上述測定工序中測定的表達量,
自上述存儲器讀取上述高風險組的表達量、上述中風險組的表
達量及上述低風險組的表達量,
比較上述測定工序中測定的表達量和上述高風險組的表達量,
比較上述測定工序中測定的表達量和上述中風險組的表達量,
比較上述測定工序中測定的表達量和上述低風險組的表達量,
將上述活體樣品的再發風險分類為相關最高的風險組,
上述高風險組的表達量
是顯示
選自上述第1基因組的多個基因、
選自上述第2基因組的多個基因、及
選自上述第3基因組的多個基因
的表達量的值,
是自被判斷為再發風險高的患者組的活體樣品預先測定的值,
上述中風險組的表達量
是顯示
選自上述第1基因組的多個基因、
選自上述第2基因組的多個基因、及
選自上述第3基因組的多個基因
的表達量的值,
是自被判斷為再發風險中度的患者組的活體樣品預先測定的
值,
上述低風險組的表達量
是顯示
選自上述第1基因組的多個基因、
選自上述第2基因組的多個基因、及
選自上述第3基因組的多個基因
的表達量的值,
是自被判斷為再發風險低的患者組的活體樣品預先測定的值。
4.權利要求3所述的計算機系統,其中上述處理器:
算出在上述測定工序中測定的表達量和上述高風險組的表達量的
相關系數,
算出在上述測定工序中測定的表達量和上述中風險組的表達量的
相關系數,
算出在上述測定工序中測定的表達量和上述低風險組的表達量的
相關系數,
將上述活體樣品的再發風險分類為相關系數最高的風險組。
5.權利要求1所述的計算機系統,其中在上述判斷工序中,
不管從第1及第2基因組各自選擇的基因的表達量,當選自第3
基因組的基因的表達量在對于該基因的基準值以上時,判斷為再發風
險高,
不管選自第2基因組的基因的表達量,當選自第3基因組的基因
的表達量相比對于該基因的基準值更小,選自第1基因組的基因相比
對于該基因的基準值更小時,判斷為再發風險為中度,
當選自第3基因組的基因的表達量相比對于該基因的基準值更
小,選自第1基因組的基因的表達量是對于該基因的基準值以上,選
自第2基因組的基因的表達量在對于該基因的基準值以上時,判斷為
再發風險為中度,
當選自第3基因組的基因的表達量相比對于該基因的基準值更
小,選自第1基因組的基因的表達量是對于該基因的基準值以上,選
自第2基因組的基因的表達量相比對于該基因的基準值更小時,判斷
為再發風險低。
6.權利要求1所述的計算機系統,其中第1基因組含C18orf22、
C18orf55、CCDC68、CNDP2、CYB5A、LOC400657、LOC440498、
MBD2、MBP、MYO5B、NARS、PQLC1、RTTN、SEC11C、SOCS6、
TNFRSF11A、TXNL1、TXNL4A、VPS4B及ZNF407。
7.權利要求1所述的計算機系統,其中第2基因組含ASXL1、
C20orf112、C20orf177、CHMP4B、COMMD7、CPNE1、DIDO1、
DNAJC5、KIF3B、NCOA6、PHF20、PIGU、PLAGL2、POFUT1、
PPP1R3D、PTPN1、RBM39、TAF4及TCFL5。
8.權利要求1所述的計算機系統,其還具備測定上述各基因的表
達量,向上述計算機發送上述表達量的信息的測定裝置。
9.權利要求1所述的計算機系統,其中上述計算機程序使上述計
算機還實行接收關于上述活體樣品中的KRAS基因的變異的有無的信
息的工序。
10.權利要求9所述的計算機系統,其中在上述判斷工序中,
對于上述再發風險作為中度的組,
當有KRAS基因變異時,作為再發風險高,
當無KRAS基因變異時,作為再發風險低。
11.權利要求9所述的計算機系統,其還具備檢測上述KRAS基
因的變異的有無,向上述計算機發送上述變異的有無的信息的變異檢
測裝置。
12.權利要求1~11之任一項所述的計算機系統,其中上述接收
工序接收以下的全部的基因的表達量:C18orf22、C18orf55、CCDC68、
CNDP2、CYB5A、LOC400657、LOC440498、MBD2、MBP、MYO5B、
NARS、PQLC1、RTTN、SEC11C、SOCS6、TNFRSF11A、TXNL1、
TXNL4A、VPS4B、ZNF407、ASXL1、C20orf112、C20orf177、
CHMP4B、COMMD7、CPNE1、DIDO1、DNAJC5、KIF3B、NCOA6、
PHF20、PIGU、PLAGL2、POFUT1、PPP1R3D、PTPN1、RBM39、
TAF4、TCFL5、ANGPTL2、AXL、C1R、C1S、CALHM2、CTSK、
DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、
SRGAP2P1及VIM。
13.由計算機實行的計算機程序,其中,
上述計算機程序對于上述計算機實行下列工序:
如下工序:
接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的第18染色體長鏈上的
18q21~18q23的區域中存在的第1基因組選擇的多個基因的表達量,
接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的第20染色體長鏈上的
20q11~20q13的區域中存在的第2基因組選擇的多個基因的表達量,
以及
接收從自大腸癌患者采集的活體樣品中的含ANGPTL2、AXL、
C1R、C1S、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、
KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1及VIM的第3基因
組選擇的多個基因的表達量,
基于接收的表達量,判斷上述患者的大腸癌的再發風險的工序。
14.輔助診斷大腸癌的再發風險的方法,其包括:
進行下列測定的測定工序:
各自測定從大腸癌患者采集的活體樣品中的選自第18染色體長
鏈上的18q21~18q23的區域中存在的第1基因組的多個基因的表達
量的第1測定、
各自測定從大腸癌患者采集的活體樣品中的選自第20染色體長
鏈上的20q11~20q13的區域中存在的第2基因組的多個基因的表達
量的第2測定、以及
各自測定從大腸癌患者采集的活體樣品中的選自含ANGPTL2、
AXL、C1R、C1S、CALHM2、CTSK、DCN、EMP3、GREM1、ITGAV、
KLHL5、MMP2、RAB34、SELM、SRGAP2P1及VIM的第3基因
組的多個基因的表達量的第3測定,
基于在上述測定工序中測定的表達量,判斷上述患者的大腸癌的
再發風險的工序。

關 鍵 詞:
輔助 腸癌 再發 風險 診斷 計算機系統 程序 方法
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