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一種基于模式分析研究中藥物質基礎和作用機制的方法.pdf

摘要
申請專利號:

CN201510706572.6

申請日:

2015.10.26

公開號:

CN105320847A

公開日:

2016.02.10

當前法律狀態:

授權

有效性:

有權

法律詳情: 授權|||著錄事項變更IPC(主分類):G06F 19/16變更事項:申請人變更前:廣東藥學院變更后:廣東藥科大學變更事項:地址變更前:510006 廣東省廣州市大學城外環東路280號變更后:510006 廣東省廣州市大學城外環東路280號|||實質審查的生效IPC(主分類):G06F 19/16申請日:20151026|||公開
IPC分類號: G06F19/16(2011.01)I 主分類號: G06F19/16
申請人: 廣東藥學院
發明人: 陳超; 周威; 王淑美; 梁生旺
地址: 510006廣東省廣州市大學城外環東路280號
優先權:
專利代理機構: 廣州粵高專利商標代理有限公司44102 代理人: 楊昕昕; 鄧義華
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法律狀態
申請(專利)號:

CN201510706572.6

授權公告號:

|||||||||

法律狀態公告日:

2018.07.06|||2018.06.26|||2016.03.09|||2016.02.10

法律狀態類型:

授權|||著錄事項變更|||實質審查的生效|||公開

摘要

本發明涉及中藥分析技術領域,具體公開了一種基于模式分析研究中藥物質基礎和作用機制的方法。所述的方法包含如下步驟:S1.構建中藥成分網絡;S2.構建成分-靶點網絡;S3.構建靶點相互作用網絡;S4.構建二階異質網絡;S5.檢測并分析關鍵網絡。利用該方法分析復方丹參滴丸治療頸動脈粥樣硬化的物質基礎和作用機制,結果分析得出4個主要成分,9個關鍵網絡,進一步分析網絡的結果初步揭示了復方丹參滴丸治療頸動脈粥樣硬化的物質基礎和作用機制,結果得到研究報道的驗證。

權利要求書

1.一種基于模式分析研究中藥物質基礎和作用機制的方法,其特征在于,
包含如下步驟:
S1.構建中藥成分網絡:從現有報道中收集待研究的中藥的化學成分及所述
化學成分的結構,用PaDEL-Descriptor計算化學成分的pubchemfingerprint,然
后自編程序計算Tanimoto系數;將Tanimoto系數大于0.90的,定義為非常相似
的結構,從而獲得中藥化學成分之間的關系,構建中藥成分網絡;
S2.構建成分-靶點網絡:在數據庫中收集S1.中收集的化學成分的靶點;
將有三個或以上的化學成分同時作用的靶點,定義為有效靶點,構建成分-靶點
網絡;
S3.構建靶點相互作用網絡:將S1.和S2.中收集得到的化學成分及靶點通過
MATLAB自編程序對數據庫UniHI信息進行篩選,構建靶點相互作用網絡;
S4.構建二階異質網絡:以成分-靶點作用網絡為基礎,應用Cytoscape構建
二階異質網絡;
S5.檢測并分析關鍵網絡:采用Cytoscape中clusterMaker插件,用Girvan-
Newman算法對異質網絡進行網絡結構分析,通過計算各模塊的Modularity
measure和RatioofpreservedCPIs篩選關鍵模塊,最后對其中的藥理單位進行
GO注釋和KEGG通路分析,從而確定中藥在治療疾病過程中可能的有效成分、
作用靶點和通路。
2.根據權利要求1所述的方法,其特征在于,S1.中所述化學成分從中藥系
統藥理學數據庫和分析平臺TCMSP中收集得到,所述化學成分的結構從結構可
從PubChem數據庫下載。
3.根據權利要求1所述的方法,其特征在于,S2.中所述的化學成分的靶點
在CTD數據庫和PubChem數據庫中收集得到。
4.根據權利要求1所述的方法,其特征在于,S5.中所述的Ratioofpreserved
CPIs是指各模塊中成分與靶點之間連線數與二階異質網絡中成分與靶點之間總
連線數的比值。
5.根據權利要求1所述的方法,其特征在于,S5.中所述的Modularitymeasure
通過如下公式計算得到:(式1)
公式(1)中m:圖中的總邊數;Lc:社區c中所有內部邊的條數;Dc:社
區c中所有頂點的度之和。
6.根據權利要求1所述的方法,其特征在于,所述的方法用于分析復方丹
參滴丸治療頸動脈粥樣硬化的物質基礎和作用機制。

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